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南通大学医学院是国家临床医师分阶段考试试点院校之一。南通大学医学院前身是南通医学院，渊源于1912年3月清末状元张謇及其兄创办的私立南通医学专门学校，是我国最早创办的高等医学院校之一，至今已有103年的办学历史。
 
学院现有19个系，其中临床医学系、影像医学系下设18个教研室；分别设有基础医学和临床医学实验教学中心，还设有基础医学和临床医学研究中心及13个研究所。

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